Ο Γιάννος Παπαντωνίου αθωώθηκε λόγω αμφιβολιών στην υπόθεση που αφορά το πρόγραμμα εκσυγχρονισμού έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού, με την Ολλανδική εταιρεία Thales ως ανάδοχο.
Ο πρόεδρος του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων τόνισε ότι δεν υπάρχουν αρκετές αποδείξεις ενοχής στα αδικήματα της απιστίας και της παθητικής δωροδοκίας, περιλαμβάνοντας την κατηγορία ότι έλαβε μίζα ύψους 2,5 εκατομμυρίων ευρώ για τη σύμβαση εκσυγχρονισμού, ενώ τον απάλλαξε και από την κατηγορία του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Αθώες κρίθηκαν επίσης η σύζυγός του, Σταυρούλα Κουράκου, και ο στενός του φίλος, Ανδρέας Μπάρδης.
Η Εισαγγελία είχε ζητήσει την ενοχή του για τα εξοπλιστικά προγράμματα που πραγματοποιήθηκαν το 2003, την περίοδο που ο Γιάννος Παπαντωνίου ήταν υπουργός Εθνικής Άμυνας, καθώς, σύμφωνα με το κατηγορητήριο, υπήρξε διακίνηση μαύρου χρήματος.
Μετά την ανακοίνωση της δικαστικής απόφασης, ο Γιάννος Παπαντωνίου δήλωσε:
«Η απόφαση αυτή αποτελεί μια ουσιαστική δικαίωση στους πολιτικούς μου αγώνες για μια καλύτερη Ελλάδα. Είναι μια δίκαιη απόφαση που απαλλάσσει την οικογένειά μου από την τεράστια ταλαιπωρία που υπέστη τα τελευταία οκτώ χρόνια. Μια απόφαση που τιμά την Ελληνική Δικαιοσύνη».
